A Certificação envolve de forma conjunta as matérias-primas e a forma de operar do estabelecimento. Levam-se em conta a estrutura da empresa, a higiene, o pessoal, o armazenamento e transporte tanto para as matérias-primas como para o produto final. Verificam-se também os controles dos processos e sua respectiva documentação.
O cumprimento das BPM é de caráter obrigatório para todos os estabelecimentos elaboradores de alimentos dos países aderentes ao Mercosul (Resolução N° 80/96). Por sua vez, a aplicação de BPM é um requisito indispensável para a Certificação HACCP.